注文住宅を建てるとかかる税金は、建設するときのみ課税されるものと、建設後も課され続けるものに分けられます。このうち、建設するときのみ課される税金には、印紙税、登録免許税、不動産取得税が挙げられます。印紙税は、法律で課税文書に指定されている文書がつくられる場合に課されます。注文住宅が完成するまでの過程ではさまざまな文書がつくられますが、そのうち土地の売買契約書、建物の工事請負契約書、住宅ローンの金銭消費貸借契約書の3つが印紙税の課税対象になります。
税額は契約書に記載される金額に応じて定められますが、注文住宅の建設時につくられる売買契約書と工事請負契約書は特例で税の減免が実施されています。登録免許税は、登記や登録、特許、許可、免許などが対象の税金です。注文住宅の購入時でこの税が課されるのは登記に関してで、土地の所有権移転登記、建物の所有権保存登記、住宅ローンの抵当権設定登記の3つが対象になっています。このうち土地の所有権保存登記以外の2つは、税率軽減の特例が適用されます。
不動産取得税は、土地や建物を取得した場合に一度だけ課される税金です。注文住宅の購入時は、土地の取得と建物の新築の2つの行為が不動産取得税の課税対象になります。税額は固定資産税評価額に指定の税率を乗じて算出されますが、建物については評価額の減額、土地に関しては税額そのものの減額を適用できる場合があります。印紙税と登録免許税が国に納めるものなのに対して、不動産取得税は都道府県に納める地方税とされています。